Ubuntu 安装 R 与 Seurat：从命令行到环境自检

10x 单细胞分析入门 · 第 02 篇

本篇把 R 和 Seurat 装好，并将版本信息保存到文件。完成标准是命令行能够运行 R 脚本，不要求先安装桌面或 RStudio Server。

主线环境为 Ubuntu 24.04 LTS 的系统软件包，验证基线为 R 4.3.3、Seurat 5.0.1。使用系统包是为了减少初学者编译依赖时遇到的问题；它不是 Seurat 最新版本的推荐声明，也不适合直接覆盖团队已管理的 R 环境。

先判断自己在哪台机器上

在准备做分析的 Linux 服务器执行：

cat /etc/os-release
uname -m
command -v Rscript || true
df -h "$HOME"
free -h

教程下游实测使用 ARM64 Ubuntu 容器，计算环境可见内存约 8 GB；这不等于算法实测内存峰值，也不是所有单细胞项目的配置要求。正式数据要按细胞数、基因数和中间对象大小另行评估。

如果显示 x86_64，也可以走 Ubuntu 系统包路线。如果是 aarch64，可以运行本例 Seurat 下游，但不要据此假设能原生运行 Cell Ranger。其系统要求见下一篇。

安装系统包

需要 sudo 权限。没有权限时，请管理员按本节安装，或使用团队已有的 Seurat 5 环境，再执行后面的版本检查。

sudo apt-get update
apt-cache policy r-base-core r-cran-seurat r-cran-seuratobject
sudo apt-get install --no-install-recommends \
  r-base-core r-cran-seurat r-cran-seuratobject r-cran-patchwork \
  curl ca-certificates unzip

先看 Candidate，本教程基线 Seurat 和 SeuratObject 都是 5.0.1-1 系统包。依赖会一起安装；执行前查看 apt 列出的下载量和占用空间。系统安全更新可能使某些依赖版本与验证记录不同，所以安装后还要保存实际版本。

如果显示 Unable to locate package 或没有 Candidate，检查 Ubuntu 版本及 universe 软件源是否启用。不要立刻转去下载不明来源的 R 包安装脚本。软件源连接失败先检查网络、系统时间与证书，别用关闭证书校验的办法跳过。

在 Windows 或 macOS 的 R 中可参考 Seurat 官方安装页从 CRAN 安装。该路线会随仓库更新，本教程没有把它与上述 Ubuntu 基线视为完全一致的环境。

分清 Bash 与 R 命令

终端里执行的是 Bash：

Rscript -e 'cat(R.version.string, "\n"); cat(as.character(packageVersion("Seurat")), "\n")'

也可以先执行 R 进入交互界面，再输入：

library(Seurat)
packageVersion("Seurat")
sessionInfo()
q(save = "no")

不要把 library(Seurat) 直接粘进 Bash。Rscript 适合运行保存好的 .R 文件；交互式 R 适合逐行查看对象。后文会分别标明代码块语言。

解压练习包并自检

下载练习包，上传到服务器家目录。首次使用：

mkdir -p ~/sc-course
unzip -n ~/sc-course-v1.zip -d ~/sc-course
cd ~/sc-course
mkdir -p logs results
Rscript scripts/00-check-env.R "$PWD" > logs/00-check-env.log 2>&1
echo $?
cat logs/00-check-env.log

退出码应为 0。脚本会加载 Seurat，检查 Seurat、SeuratObject、Matrix、ggplot2、patchwork 和 uwot，保存 logs/00-environment-session.txt。实际版本以你的记录为准，可与本例验证记录对照。

00-check-env.R 通过不代表后面的生物学结论正确，只说明这几个包能在同一 R 会话中加载。还要用实际矩阵运行导入、质控和聚类。

建立固定的工作习惯

本课程目录约定为：

~/sc-course/
├── scripts/       # 程序
├── configs/       # 样本记录
├── data/raw/      # 下载原件和解压结果
├── results/       # RDS、表格和图片
└── logs/          # 运行日志与环境记录

用 Rscript scripts/01-import.R "$PWD" 运行时，最后一个参数明确指定项目目录。脚本不应靠修改全局工作目录，去碰其他项目的输入输出。

升级 R 或 Seurat 后，保留旧日志，重新跑一遍这个小数据。RDS 能打开和计算结果完全一致是两回事。随机种子固定，也无法消除所有跨平台、依赖版本和数值库差异。

三种常见安装问题

报错	先检查
Rscript: command not found	command -v Rscript，确认装在当前服务器
there is no package called 'Seurat'	R 查找的库是否与安装位置一致，查看 .libPaths()
Matrix / SeuratObject 加载失败	是否混用了系统包与个人库里的旧包；保留错误日志，优先统一环境

练习：退出当前终端，重新登录，再运行一次自检。仍能通过后，接着下载 PBMC 3k 并核对文件。