Cell Ranger 报告怎么看：用 PBMC 3k 核对关键指标
10x 单细胞分析入门 · 第 05 篇
打开 Web Summary 后，先记录数据身份，再读质量指标。不要只截一张绿色页面，就把“能运行”写成“数据质量合格”。
这篇使用 10x 官方 PBMC 3k Web Summary。它来自 Cell Ranger 1.1.0；较新版本的布局、指标名称与算法会变化，不能直接横向比较每一个百分比。
先确认报告属于哪批数据
在浏览器打开官方报告，记录样本名、软件版本、参考和输入类型。若你用自己的 count 结果，把 web_summary.html 与同目录的指标表一起保存。
sample_id:
run_id:
cellranger_version:
reference:
library_type:
report_source:
alerts_and_actions:没有这些信息，一张截图很容易与另一个样本混在一起。报告中没有明示的字段可以回查交付文档和日志，但不能自己猜测后填入。
先看细胞数，再看分布
官方 PBMC 3k 页面报告检测到 2,700 个细胞。本教程下载的 filtered 矩阵也有 2,700 个条形码，这是一项输入一致性核对，不能据此认定每一个条形码都是健康的单细胞。
注意细胞判定与下游过滤是不同步骤。上游根据条形码计数分布等信息识别细胞相关液滴；下游还要检查基因数、UMI、线粒体计数比例和可能的双细胞。
看 barcode rank 曲线时，关注高计数群体与背景能否区分、转折是否清楚，以及告警的原因。同样的 recovered cells 数量，可能对应不同的背景污染或低质量分布。没有原始条形码矩阵时，无法完整重新评估所有未入选液滴。
用三项数字练习解释
下表数值来自官方旧版报告，不是本次重新计算的上游实测结果：
| 指标 | 官方报告值 | 可以读出什么 | 不能直接推出什么 |
|---|---|---|---|
| Number of Cells | 2,700 | 上游判为细胞的条形码数量 | 每个都是合格单细胞 |
| Valid Barcodes | 96.3% | 有效条形码匹配情况 | 基因注释和物种一定正确 |
| Reads Mapped Confidently to Transcriptome | 66.0% | 旧版定义下转录组可靠比对情况 | 剩余读段全是技术垃圾 |
一项比对指标低，要结合物种、参考与文库背景排查；核样本中内含子读段比例较高也有可能与输入类型有关。先确认定义和版本，再判断是否异常。
本教程的下游 percent.mt 是被指定为线粒体基因的 UMI 计数占比，不是 Web Summary 里的某个“线粒体 reads 比例”。变量名称相似，也要检查分母。
深度、基因数和饱和度放在一起看
测得更多 reads，通常是加深了对同一文库的抽样，不能自动补回已经丢失的细胞，也不能修复建库前的 RNA 降解。阅读深度与饱和曲线时，可先问：继续增加测序是否仍明显带来新分子或新基因？
Median Genes per Cell 是细胞分布的中位数，不代表每个细胞的水平相同。PBMC 内不同细胞群的 RNA 含量也会不同；后续应查看逐细胞分布，而不是只保留一个汇总数字。
不要把旧版报告中的 cDNA PCR Duplication 直接改名为新版 Sequencing Saturation。名称、分母和计算逻辑应按各自版本文档核对。新版报告的入口见 Cell Ranger 8 Web Summary 说明。
把问题写成可执行的核查
| 看到的现象 | 优先回查 | 接下来能做的事 |
|---|---|---|
| 细胞数与实验预期差异大 | 上样记录、有效条形码、rank 曲线 | 核对文库身份，检查 raw 矩阵，不先强制细胞数 |
| 可靠比对比例异常 | 物种、参考、读段结构 | 与交付清单和命令记录核对 |
| 基因数较低 | 深度、样本类型、RNA 质量 | 看逐细胞分布与各细胞群，不用单阈值直接判废 |
| 部分指标出现告警 | 该版本的告警说明 | 记录原因、行动和复查结果，而非只抹掉告警 |
准备一个 logs/report-review.tsv，每行写“指标、值、定义来源、判断、下一步”。实际没有证据时填“待核查”。这份表比“整体质量良好”更容易被下一位分析者复核。
和后续矩阵接起来
本例后续导入 2,700 个条形码，再通过明确规则过滤，数量变化会写进 02-qc-decisions.csv。如果你的原始矩阵列数与报告 recovered cells 不一致，先检查是否用了另一个样本、raw 矩阵或拆样后的子集，别先调 Seurat 参数。
练习：在报告中找出一个你暂时无法解释的指标，查到该版本定义后，将分子、分母和可能的干扰因素写进记录。下一篇建立 Seurat 对象。