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科研算力、环境部署与数据管理的指南和实践。

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2026年10月20日

Cell Ranger 报告怎么看:用 PBMC 3k 核对关键指标

借助 10x 官方 PBMC 3k Web Summary,核对报告身份、细胞数、有效条形码和比对指标,区分旧新版本定义与下游质控。

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2026年10月20日

读取 10x 表达矩阵:建立带样本信息的 Seurat 对象

在 Seurat 5 读取 PBMC 3k 稀疏矩阵,核对基因和细胞维度,理解建对象初筛、加入样本元数据、保存 RDS 并检查条形码对齐。

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2026年10月20日

单细胞 RNA 质控:留下过滤依据,再选择阈值

为 PBMC 记录基因数和线粒体计数比例,保存逐细胞过滤原因,对比四组阈值,并说明基础质控与双细胞和环境 RNA 处理的边界。

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2026年10月20日

Seurat 聚类实操:从归一化到 PCA 和 UMAP

从过滤后的 PBMC 对象完成归一化、高变基因、PCA、邻接图、Louvain 聚类与 UMAP,保存版本和参数,检查质控指标与分群关系。

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2026年10月20日

Cell Ranger 安装与上游分析:自检、FASTQ 和参考文件

按 Cell Ranger 8.0.1 说明安装和自检,核对 GEX FASTQ、参考及样本前缀,理解 count 运行模板、日志与输出检查,明确未实测的上游边界。

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2026年10月20日

单细胞类型注释:把 marker、图和判断写进同一份记录

根据候选 marker、DotPlot 与 FeaturePlot 进行 PBMC 人工注释,记录类型证据和不确定性,按聚类 ID 匹配并验证元数据。

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2026年10月20日

10x 单细胞分析入门:安装软件,跑完一个 PBMC 示例

用公开 PBMC 3k 数据练习单细胞分析:安装 R 与 Seurat、下载核验矩阵、完成质控聚类与人工注释,提供分阶段脚本和可核对的结果记录。

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2026年10月20日

下载 PBMC 3k:核对表达矩阵、条形码和样本表

下载 10x 官方 PBMC 3k 表达矩阵,校验 SHA-256,核对基因、条形码和 MTX 文件,建立带来源记录的单细胞项目目录。

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文章分类

01 · 转录组、ATAC、VDJ:先判断手里的数据该走哪条流程
02 · Ubuntu 安装 R 与 Seurat:从命令行到环境自检
03 · 下载 PBMC 3k:核对表达矩阵、条形码和样本表
10x 单细胞分析入门9 篇文章点击展开
01 · Linux 和 Windows 有什么区别?从图形界面到服务器命令行
02 · Linux 目录结构入门:根目录、家目录与相对路径
03 · 连接 Linux 服务器前要准备什么?SSH 信息与练习环境清单
Linux 服务器入门18 篇文章点击展开
Cell Ranger 报告怎么看:用 PBMC 3k 核对关键指标
读取 10x 表达矩阵:建立带样本信息的 Seurat 对象
单细胞 RNA 质控:留下过滤依据,再选择阈值
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10x 单细胞分析入门

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用公开 PBMC 3k 数据练习单细胞分析:安装 R 与 Seurat、下载核验矩阵、完成质控聚类与人工注释,提供分阶段脚本和可核对的结果记录。

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  • 01 · 转录组、ATAC、VDJ:先判断手里的数据该走哪条流程阅读文章 →
  • 02 · Ubuntu 安装 R 与 Seurat:从命令行到环境自检阅读文章 →
  • 03 · 下载 PBMC 3k:核对表达矩阵、条形码和样本表阅读文章 →
  • 04 · Cell Ranger 安装与上游分析:自检、FASTQ 和参考文件阅读文章 →
  • 05 · Cell Ranger 报告怎么看:用 PBMC 3k 核对关键指标阅读文章 →
  • 06 · 读取 10x 表达矩阵:建立带样本信息的 Seurat 对象阅读文章 →
  • 07 · 单细胞 RNA 质控:留下过滤依据,再选择阈值阅读文章 →
  • 08 · Seurat 聚类实操:从归一化到 PCA 和 UMAP阅读文章 →
  • 09 · 单细胞类型注释:把 marker、图和判断写进同一份记录阅读文章 →

Linux 服务器入门

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第一次用 Linux 服务器?跟着练习包,从登录到拿回结果,只学用得上的命令。

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  • 01 · Linux 和 Windows 有什么区别?从图形界面到服务器命令行阅读文章 →
  • 02 · Linux 目录结构入门:根目录、家目录与相对路径阅读文章 →
  • 03 · 连接 Linux 服务器前要准备什么?SSH 信息与练习环境清单阅读文章 →
  • 04 · Windows 通过 SSH 登录 Linux 服务器:密码与密钥登录阅读文章 →
  • 05 · Windows 与 Linux 传输文件:WinSCP 和 scp 上传下载教程阅读文章 →
  • 06 · Linux 目录操作命令:pwd、ls 和 cd 的常用用法阅读文章 →
  • 07 · Linux 文件操作命令:创建、复制、移动和删除文件阅读文章 →
  • 08 · Linux 查看与编辑文件:cat、less、head、tail 和 nano阅读文章 →
  • 09 · Linux 查找文件和内容:find、grep、管道与重定向阅读文章 →
  • 10 · Linux 查看磁盘、内存和进程:df、du、free、ps、top 入门阅读文章 →
  • 11 · Ubuntu 如何安装软件?apt 更新、安装与卸载教程阅读文章 →
  • 12 · Ubuntu 安装 deb 与解压文件:deb、zip、tar.gz 怎么用?阅读文章 →
  • 13 · Linux 怎么运行程序?命令查找、执行权限与服务管理入门阅读文章 →
  • 14 · Linux 下载 GitHub 项目:git clone、README 与示例运行阅读文章 →
  • 15 · Linux 日志在哪里?终端报错、日志文件与 journal 入门阅读文章 →
  • 16 · Linux 如何查看错误日志?grep、tail 与 journalctl 用法阅读文章 →
  • 17 · Linux 命令报错怎么排查?文件路径与 Nginx 配置案例阅读文章 →
  • 18 · Linux 入门实战练习:运行日志脚本、保存报错并下载结果阅读文章 →

文档

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  • Cell Ranger 报告怎么看:用 PBMC 3k 核对关键指标阅读文章 →
  • 读取 10x 表达矩阵:建立带样本信息的 Seurat 对象阅读文章 →
  • 单细胞 RNA 质控:留下过滤依据,再选择阈值阅读文章 →
  • Seurat 聚类实操:从归一化到 PCA 和 UMAP阅读文章 →
  • Cell Ranger 安装与上游分析:自检、FASTQ 和参考文件阅读文章 →
  • 单细胞类型注释:把 marker、图和判断写进同一份记录阅读文章 →
  • 10x 单细胞分析入门:安装软件,跑完一个 PBMC 示例阅读文章 →
  • 下载 PBMC 3k:核对表达矩阵、条形码和样本表阅读文章 →
  • Ubuntu 安装 R 与 Seurat:从命令行到环境自检阅读文章 →
  • 转录组、ATAC、VDJ:先判断手里的数据该走哪条流程阅读文章 →
  • Linux 和 Windows 有什么区别?从图形界面到服务器命令行阅读文章 →
  • Linux 命令报错怎么排查?文件路径与 Nginx 配置案例阅读文章 →
  • Linux 查看磁盘、内存和进程:df、du、free、ps、top 入门阅读文章 →
  • Windows 通过 SSH 登录 Linux 服务器:密码与密钥登录阅读文章 →
  • 连接 Linux 服务器前要准备什么?SSH 信息与练习环境清单阅读文章 →
  • Linux 服务器快速上手:从登录到拿回结果阅读文章 →
  • Linux 查找文件和内容:find、grep、管道与重定向阅读文章 →
  • Linux 怎么运行程序?命令查找、执行权限与服务管理入门阅读文章 →
  • Linux 如何查看错误日志?grep、tail 与 journalctl 用法阅读文章 →
  • Linux 查看与编辑文件:cat、less、head、tail 和 nano阅读文章 →
  • Linux 目录结构入门:根目录、家目录与相对路径阅读文章 →
  • Linux 目录操作命令:pwd、ls 和 cd 的常用用法阅读文章 →
  • Linux 日志在哪里?终端报错、日志文件与 journal 入门阅读文章 →
  • Ubuntu 安装 deb 与解压文件:deb、zip、tar.gz 怎么用?阅读文章 →
  • Linux 下载 GitHub 项目:git clone、README 与示例运行阅读文章 →
  • Linux 入门实战练习:运行日志脚本、保存报错并下载结果阅读文章 →
  • Windows 与 Linux 传输文件:WinSCP 和 scp 上传下载教程阅读文章 →
  • Linux 文件操作命令:创建、复制、移动和删除文件阅读文章 →
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